Le sudoku a des ancêtres français qui remontent à 1895. Le jeu n'est apparemment pas une invention récente comme beaucoup le pensaient. À la fin du XIXe siècle, les Français jouaient en effet à remplir des grilles 9x9 divisées en 9 régions, très proches de ce jeu (mais les grilles initiales comprenaient des contraintes supplémentaires sur la solution), qui étaient publiées dans les grands quotidiens de l'époque, révèle Pour la Science dans son édition de juin 2006.
Selon le magazine, la grille la plus proche d'un sudoku, qui a été retrouvée par le Français Christian Boyer, est celle de B. Meyniel, publiée dans le quotidien La France du 6 juillet 1895, et une variante proche a été publiée peu avant, en novembre 1892, dans Le Siècle, variante qui utilisait des nombres à deux chiffres.
En 1979, un pigiste spécialisé dans les casse-tête, Howard Garns, crée le premier jeu tel que nous le connaissons aujourd'hui. Dell Magazines l'introduit cette même année dans une publication destinée au marché new-yorkais, le Dell Pencil Puzzles and Word Games, sous le nom de Number Place. Nikoli l'introduit au Japon en avril 1984 dans le magazine Monthly Nikolist.
En 1986, Nikoli introduit deux nouveautés, qui rendront le jeu populaire : le nombre de dévoilés est au plus de 30 et les grilles sont symétriques, c'est-à-dire que les dévoilés sont symétriquement distribués autour du centre de la grille. Aujourd'hui, la plupart des journaux importants au Japon, tel Asahi Shimbun, publient ce jeu.
En 1989, Loadstar et Softdisk publient DigitHunt pour le Commodore 64, probablement le premier logiciel pour ordinateur personnel à générer des Sudoku. Il existe une entreprise qui continue à utiliser ce nom.
En 1995, Yoshimitsu Kanai publie un générateur logiciel sous le nom de Single Number (traduction anglaise de Sudoku), pour le Macintosh, en japonais et en anglais[3] et, en 1996, il récidive pour le Palm.
En 2005, Dell Magazines publie également deux magazines dédiés aux Sudoku : Original Sudoku et Extreme Sudoku. De plus, Kappa Publishing Group reprend les grilles de Nikoli dans GAMES Magazine sous le nom de Squared Away. Les journaux New York Post, USA Today et San Francisco Chronicle publient aussi ce jeu. Des grilles apparaissent dans certaines anthologies de jeux, telles que The Giant 1001 Puzzle Book (sous le nom de Nine Numbers).
C'est en juillet 2005 que le sudoku arrive en France, publié par Sport cérébral, éditeur spécialisé dans les jeux de réflexion. Le premier numéro se vendra à 20 000 exemplaires soit deux fois plus qu'à l'accoutumée lors de la sortie d'un nouveau jeu, un record selon Xavier de Bure, directeur général de l'éditeur. Le Figaro publie les premières grilles quotidiennes dès le début juillet, suivi au cours de l'été 2005 par Libération, La Provence, Nice Matin, 20 Minutes, Métro et Le Monde. Le magazine 1, 2, 3… Sudoku sortit son premier numéro en novembre 2005.
Le phénomène a également gagné la Suisse, Wayne Gould fournit des grilles au quotidien francophone Le Matin qui a vendu cette année 150 000 livres de sudoku. Le Temps, autre quotidien helvétique publie quant à lui des grilles de sudoku depuis septembre.